一度気になってしまうと気が散って没入出来なくしまう性格故の悪癖を箇条書きで。
公式発表による疑問点の解消があれば適宜省いていく。
・本作といいナディアといい、エッフェル塔に何か恨みでもあるのか
・流石に最後だから旧劇版のオカルトを排除してSF的に決着してくれるのだろう、と思い込んでいた節があったのだが、寧ろ旧劇版をベースにしていて些かうんざりしてしまった
・アダムスと使徒とエヴァシリーズに重ねていろんな謎アイテムが必要というRPG要素が強過ぎ（例えばお手軽に眼からビームが出せるほどランクアップ出来る謎アイテム、ナブッコの鍵。鍵かよ）
・L結界、性質的には自然現象に準ずるものだと思いきや、PCからハッキング的なことをして一瞬で反転出来る可逆的且つ論理的な実装だったという謎のノイマンアーキテクチャー感。でも特に現実世界≒仮想空間としては扱っていない
・カヲル君のループ再生（何度やってもゲンドウに嵌められる知能の限界感含む）も同様。カヲル君視点での転生物エヴァを一作仕立て上げられる
・クルーが脱出に使ったポッドにはあの空間を独力で脱出可能なほどの推進力と燃料があるのか
・ネルフもヴィレもあれだけの規模の技術力と開発力と予算と人手とメンテを何処でどうやって維持していたのか。特にAAAヴンダー/NHG。
・インパクトインフレ
・外界から見たエヴァイマジナリーから連想されるエコールソフトウェア感
・左眼にあのサイズの柱を格納出来る技術、気合でひり出せる技能と眼筋
・虚数の虚がimaginaryであるが故に概念扱いされている虚数空間、ロンギヌスの槍の存在により対消滅とか放射線物質とかが発生しない実数空間、はまあエヴァに於ける世界観として流してもいいが、ゴルゴダオブジェクトと六本の槍の由来を説明しようとした傍から即刻放棄するのはちょっとあれだ。そこが一番気になる箇所だ
・マリが有能過ぎる
・ゲンドウは眼からビームが出せなくても充分に人類史上最高峰なのだが、長らく冬月先生と綾波タイプしか相手が居なかったから人付き合いというしょぼい脆弱性が最後になって露呈した
・渚司令の司令職任命の経緯と在任期間、その期間中のゲンドウと冬月先生の処遇
・何はともあれ納得ずくで実体に戻れたイデオン発動篇（その点では富野由悠季が改めて凄い）
・チョーカーを外す演出は両者共に補完前の記憶を継承しているという解釈になってしまうので、補完前の再会のタイミングで外してほしかった
・お疲れ様でした